In Fällen, in denen eine Steuerhinterziehung vorliegt, kommt es in der Regel zur Einleitung des Steuerstrafverfahrens. Kern dessen ist das Ermittlungsverfahren. Durch das Ermittlungsverfahren untersucht die ermittelnde Behörde, ob gegen den Beschuldigten Anklage vor Gericht erhoben werden soll. Für das Ermittlungsverfahren ist grundsätzlich die Staatsanwaltschaft zuständig. Bei der Verfolgung von Steuerstraftaten ist jedoch regelmäßig die Finanzbehörde Ermittlungsbehörde, weshalb sie die Rechte und Pflichten im Ermittlungsverfahren wahrnimmt. Diese ermittelt somit selbstständig und ohne Weisungsgebundenheit gegenüber der Staatsanwaltschaft. Die Staatsanwaltschaft kann das Verfahren aber jederzeit an sich ziehen, § 386 IV 2 AO. Das Steuerstrafverfahren wird dann eingeleitet, wenn die Finanzbehörde, die Staatsanwaltschaft oder ihre Ermittlungsbeamten Maßnahmen getroffen haben, die erkennbar darauf abzielen, gegen jemanden wegen einer Steuerstraftat strafrechtlich vorzugehen, § 397 I AO. Das heißt im Falle eines Anfangsverdachts einer Steuerstraftat, wird das Verfahren eröffnet. Mit der Einleitung eines solchen Verfahrens endet auch die Möglichkeit der strafbefreienden Selbstanzeige. Im Verlauf des Steuerstrafverfahrens ermittelt die Behörde, ob gegen den Beschuldigten Anklage erhoben werden soll. Häufig eingesetzte Ermittlungsmethoden sind Anhörungen und Durchsuchungen.
Das Ermittlungsverfahren kann durch mehrere Möglichkeiten beendet werden, etwa durch eine öffentliche Anklage oder Strafbefehlsantrag, durch Einstellung des Strafverfahrens oder durch Verständigungen. Ergibt das Ermittlungsverfahren, dass eine Steuerstraftat vorliegt, kommt es zur Anklage. Geht die Ermittlungsbehörde jedoch von einer geringen Schuld des Täters aus, so kann das Steuerstrafverfahren mit der Zustimmung des Gerichts eingestellt werden.