Die rechtlichen Folgen der Selbstanzeige hängen davon ab, ob die Selbstanzeige wirksam oder unwirksam ist.
Bei einer wirksamen Selbstanzeige treffen den Steuerpflichtigen keine strafrechtlichen Konsequenzen. Der aus der Steuerhinterziehung resultierende staatliche Strafanspruch wird dadurch beseitigt. Für den Anzeigeerstatter tritt insoweit Straffreiheit ein. Die Staatsanwaltschaft wird keine Ermittlungen durchführen, keine Anklage erheben und den Steuerpflichtigen nicht bestraft. Die Selbstanzeige schließt jedoch nur die Bestrafung wegen Steuerhinterziehung aus. Auf andere (Steuer-)Straftaten ist § 371 AO – soweit nicht ausdrücklich auf sie verwiesen wird – auch nicht analog anwendbar. Auch strafrechtliche Nebenfolgen sind von der strafbefreienden Wirkung miterfasst. Es können jedoch außerstrafrechtliche Konsequenzen eintreten, wie etwa beamtenrechtliche Disziplinarmaßnahmen, ein Besteuerungsverfahren oder Insolvenzverfahren. Auf die steuerliche Rechtslage hat eine Selbstanzeige keinen Einfluss, weshalb sämtliche Steuer- und Haftungsansprüche gegen den Betreffenden bestehen bleiben. Außerdem bestehen Ansprüche auf steuerrechtliche Nebenleistungen, sodass Verspätungs- sowie Säumniszuschläge gegen den Steuerpflichtigen festgesetzt werden können. Disziplinarverfahren etwa gegen Richter, Beamte oder Soldaten sind möglich, jedoch nur unter den Voraussetzungen eines zwingenden öffentlichen Interesses. Eine wirksame Selbstanzeige stellt im Rahmen eines Disziplinarverfahrens einen Milderungsgrund dar, der aber im Wege der Einzelfallentscheidung in die Bemessungsentscheidung mit einfließt.
Bei einer unwirksamen Selbstanzeige erlangt der Steuerpflichtige keine Straffreiheit. Sind also die Voraussetzungen einer straflosen Selbstanzeige nicht gegeben, dann kommt es in der Regel zum Strafverfahren und grundsätzlich auch zum Prozess. Die missglückte Selbstanzeige kann jedoch zur Strafmilderung führen.
Eine Ausnahme besteht, wenn eine Selbstanzeige nur deshalb unwirksam ist, weil die Hinterziehungssumme pro Tat 25.000 € übersteigt oder ein besonders schwerer Fall vorliegt. Dann ist von der Strafverfolgung abzusehen, wenn der Steuerpflichtige zusätzlich zur fristgerechten Nachzahlung von Steuern und Zahlung von Hinterziehungszinsen einen Hinterziehungs-Zuschlag entrichtet, welcher sich nach der Höhe des hinterzogenen Betrags richtet.