Aufgrund der scheinbar einfachen Handhabung der Selbstanzeige wird eine solche oft unterschätzt. Die Abgabe einer wirksamen Selbstanzeige ist anspruchsvoll, denn es können eine Vielzahl von Fehlerquellen auftreten. Deshalb besteht das zentrale Risiko der Selbstanzeige in deren Unwirksamkeit aufgrund bestimmter Fehlerquellen.
Fehler ergeben sich beispielsweise aus dem falschen Empfänger (z.B. der Staatsanwaltschaft, welche in der Regel das Ermittlungsverfahren einleiten wird), aus der mangelnden Berücksichtigung aller relevanten Steuerarten, aus der falschen Berechnung der Steuern, wenn etwa zu geringe Werte angesetzt werden, aus der mangelnden Berücksichtigung aller unverjährten Zeiträume in der Selbstanzeige, etc.. Weitere Fehlerquellen ergeben sich auch daraus, dass die Sperrgründe des § 371 II AO nicht berücksichtigt werden sowie der Steuerpflichtige in Zahlungsverzug ist.
Werden solche Fehler gemacht, kann es unter Umständen zu einem Strafverfahren kommen. Weiterhin besteht durch Fehler in der Selbstanzeige das Risiko der Tatentdeckung, was zur Folge hat, dass die Selbstanzeige nicht strafbefreiend wirken kann.